Prezidium
Ve složení prezident, první viceprezident a viceprezident se schází za účasti ředitele úřadu v době mezi zasedáními výkonného výboru. Jeho úkolem je operativní řízení chodu komory. Připravuje program jednání výkonného výboru. Řídí a kontroluje činnost úřadu.
Každý z volených orgánů má možnost zřizovat své pomocné orgány. Zřízeny jsou následující pomocné orgány, resp. výbory, podvýbory a redakční rady v působnosti Výkonného výboru:
Výbor pro správu profese
Na základě zákonem předepsaných náležitostí vede evidenci a kontroluje žádosti o zápis do seznamu auditorů, auditorských společností a asistentů auditora včetně zákonem předepsaných náležitostí, registruje auditory ze zemí EU a ze třetích zemí. Kontroluje odbornou praxi asistentů auditora a platby příspěvků auditorů na činnost komory. Organizuje slavnostní slib nových auditorů. Zabývá se otázkami auditorské profese.
V rámci výboru je zřízena Komise pro posuzování kvalifikačních předpokladů.
Výbor pro auditorské zkoušky
Má dvě sekce:
• pro zkoušky, která připravuje a garantuje obsah jednotlivých částí auditorské zkoušky, připravuje sborník materiálů pro přípravu uchazečů o složení zkoušky, osvobozuje od dílčí části auditorské zkoušky, navrhuje zkušební komisaře;
• pro vzdělávání, která garantuje obsah vzdělávacích kurzů sloužících k přípravě na auditorskou zkoušku.
V rámci výboru je zřízena Komise pro posuzování osvobozování od dílčí části auditorské zkoušky.
Výbor pro kontinuální profesní vzdělávání auditorů
Připravuje témata a obsah vzdělávání pro auditory i odbornou veřejnost, navrhuje vhodné lektory, spolupracuje na přípravě odborných konferencí. Výbor podává kárné komisi, v souladu s vnitřními předpisy komory, podnět na zahájení kárného řízení s auditory, kteří opakovaně neplní povinnosti vyplývající z vnitřního předpisu pro kontinuální profesní vzdělávání (KPV) a dlouhodobě neplní stanovený rozsah KPV.
Výbor pro regulaci a rozvoj profese
Pracuje na dlouhodobých vizích pro auditorskou profesi, na podpoře nových aktivit auditorů a rozvoji neauditorských služeb. Zabývá se vypracováním připomínek k návrhům vybraných zákonů, navrhuje vnitřní předpisy a směrnice komory a jejich změny. Do jeho činnosti také patří problematika etiky v návaznosti na Etický kodex.
V roce 2022 výbor pro regulaci a rozvoj profese zřídil podvýbor pro AML a etiku.
V roce 2023 výbor pro regulaci a rozvoj profese zřídil podvýbor pro ESG
Výbor pro metodiku auditu a Redakční rada pro překlady
Výbor řeší aktuální problematiku metodiky auditu, poskytuje výklad auditorských standardů pro potřeby auditorů, zpracovává aplikační doložky k mezinárodním auditorským standardům. Podílí se také na školení v oblasti metodiky auditu, účastní se připomínkových řízení k materiálům týkajících se auditu. Předseda výboru zastupuje Komoru na pravidelných jednáních pracovní skupiny AE pro audit.
Redakční rada garantuje odbornou správnost překladů mezinárodních předpisů v oblasti řízení kvality, auditu, prověrek, ostatních ověřovacích zakázek a souvisejících služeb vydávaných IFAC a překladů dalších zahraničních dokumentů z oblasti metodiky auditu. Mezi jejími členy jsou zástupci velkých a středních auditorských firem a akademické obce.
Výbor pro účetní výkaznictví
Zabývá se metodikou účetnictví podnikatelského sektoru. Sleduje návrhy a změny národních pravidel, návrhy interpretací českých předpisů, které vydává Národní účetní rada, v níž má výbor svého zástupce. Účastní se připomínkových řízení. Vytváří výstupy formou připomínek a stanovisek.
V roce 2019 výbor pro účetní výkaznictví zřídil podvýbor pro IFRS a finanční instituce.
Výbor pro SME/SMP
Výbor se zabývá otázkami auditorské profese, které se týkají malých a středních auditorských praxí a podniků. Ve své činnosti vychází z usnesení posledního Sněmu Komory auditorů: Aktivně se zaměřovat na podporu malých a současně i středních auditorských praxí. Při své činnosti spolupracuje především s výborem pro metodiku auditu, výborem pro kontinuální profesní vzdělávání a výborem pro správu profese.
Výbor pro veřejný sektor
Zabývá se specifiky subjektů ve veřejném sektoru. Zaujímá stanoviska k působení auditorů v této oblasti ve vazbě na právní předpisy. Podílí se na připomínkování předpisů, tvorbě auditorských standardů a metodických pomůcek komory řešících oblast veřejného sektoru, jakož i na přípravě vzdělávacích projektů pro auditory. Předseda výboru se účastní jednání pracovní skupiny AE pro veřejný sektor.
Výbor pro vnější vztahy
Zabývá se propagací a prezentací auditorské profese a komory vůči veřejnosti, koordinací IT, které komora používá, a obsahem webových stránek. Připravuje jednotlivé mediální a publikační projekty zaměřené na širší veřejnost, např. mimořádné číslo časopisu Auditor speciál, přílohu Auditorské služby v deníku Hospodářské noviny a články v odborném tisku. Předseda výboru je tiskovým mluvčím komory.
Redakční rada časopisu Auditor
Řídí vydávání časopisu Auditor, který vychází 10krát ročně. Garantuje tematické zaměření a obsah jednotlivých čísel tištěného časopisu, mimořádných tištěných příloh a elektronické přílohy, tzv. e-přílohy.